Η SkyGreece Airlines δημιουργήθηκε το 2012. Πρόεδρος και Διευθύνων Σύμβουλος της εταιρία είναι ο κληρικός της Ελληνικής Ορθόδοξης Εκκλησίας κ. Νικόλαος Αλεξανδρής. Η εταιρία σχεδίαζε την έναρξη πτήσεων τον Απρίλιο 2013 με αεροσκάφη τύπου Airbus A340 με προορισμούς στις Ηνωμένες Πολιτείες της Αμερικής και τον Καναδά από την Αθήνα.
Τελικά η εταιρία ανακοίνωσε τον Ιούνιο 2013 την απόκτηση ενός αεροσκάφους Boeing 767. Παρόλα αυτά, το αεροσκάφος έφτασε στις 27 Νοεμβρίου 2013 στο αεροδρόμιο της Αθήνας, «φορώντας» ακόμη το προηγούμενο αμερικάνικο νηολόγιο (N328MP). Η εταιρία έλαβε το AOC αρχές Φεβρουαρίου 2014, και στις 27 Φεβρουαρίου του ιδίου έτους την άδεια εμπορικής εκμετάλλευσης.
Τέλη Μαρτίου η εταιρία ανακοίνωσε ότι είναι έτοιμη να ξεκινήσει δρομολόγια σε ΗΠΑ και Καναδά και κατέθεσε τα απαραίτητα δικαιολογητικά στις αρχές των παραπάνω χωρών. Τελικά στις 20 Ιουνίου 2014 ξεκίνησε πτήσεις από Λονδίνο και Στοκχόλμη προς Ασμάρα (πρωτεύουσα της Ερυθραία) και Μογκαντίσου (πρωτεύουσα της Σομαλίας) για λογαριασμό της flyolympic. Η συγκεκριμένη συνεργασία κράτησε μόλις λίγες εβδομάδες, διότι η σουηδική flyolympic κήρυξε πτώχευση. Από τα τέλη Ιουλίου η SkyGreece πετούσε πλέον για λογαριασμό της Air Madagascar, παρόλα αυτά δεν είχε προγραμματισμένο έργο.
Τον Ιανουάριο 2015 η εταιρία ανακοίνωσε την έναρξη πτήσεων από προορισμούς της Ελλάδας, Κροατίας και Ουγγαρίας προς πόλεις του Καναδά και από την Αθήνα προς την Νέα Υόρκη. Οι πτήσεις ξεκίνησαν τέλη Μαΐου 2015. Μετά από αλλεπάλληλες ακυρώσεις πτήσεων στα μέσα Αυγούστου 2015 η εταιρία την 28η Αυγούστου 2015 ανακοίνωσε την προσωρινή παύση κάθε πτητικής δραστηριότητας.
